Pada tanggal 11 Maret 1957, kira-kira 12 tahun dari proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia, SMA Muhammadiyah 3 Jakarta secara resmi berdiri. Berdirinya SMA Muhammadiyah 3 Jakarta tidak bisa dilepaskan dari sejarah dan amal usaha Muhammadiyah Cabang Kebayoran Baru, karena berdirinya SMA Muhammadiyah 3 Jakarta merupakan hasil usaha perintis di dalam lingkungan Muhammadiyah Cabang Kebayoran Baru.
Sadar akan pentingnya pendidikan dalam upaya meningkatkan kualitas sumber daya manusia dan kualitas kehidupan umat, maka para perintis Muhammadiyah Cabang Kebayoran Baru berusaha sekuat tenaga untuk dapat mendirikan sekolah lanjutan tingkat atas. Terlebih-lebih mereka disemangati oleh amanat Pembukaan UUD 1945 untuk berperan serta dalam usaha mencerdaskan bangsa, maka sekalipun menemui banyak hambatan usaha mendirikan SMA Muhammadiyah 3 Jakarta ini terus dilanjutkan sampai akhir dapat terwujud.
Sebelumnya, pada tahun 1952, ketika Pimpinan Muhammadiyah Cabang Kebayoran Baru yang pertama kali di bawah pimpinan Bapak H. Gunawan (almarhum) diresmikan SMP Muhammadiyah oleh ibu Negara Ibu Fatmawati Soekarno di Senayan. SMP Muhammadiyah ini pada akhir tahun 1952 menempati bekas gedung DPU/PCK yang terletak di Jalan Gandaria 1, Nomor 20 (sekarang rumah sakit bersalin PKU Muhammadiyah).
